Protokoli o saradnji koje je Medica Zenica sklopila sa pojedinim institucijama i organizacijama imaju za cilj integraciju Medice u psiho-socijalni i zdravstveni sistem zajednice, kao i maksimalno korištenje postojećih resursa Medice Zenica, ali i resursa u zajednici. Do 2020. godine Medica Zenica je potpisala protokole i ugovore o saradnji i pružanju usluga sa  sljedećim partnerima:

      • Sporazum o saradnji između Medice Zenica i 8 srednjih škola u Kantonu 10, potpisan 31.05.2017.
      • Sporazum o saradnji između Medice Zenica i 25 srednjih škola u Srednjobosanskom kantonu, potpisan 22.05.2017.
      • Sporazum o saradnji između Ministarstva nauke, kulture i sporta Srednjobosanskog kantona/Kantona Središnja Bosna, Medice Zenica i OU Nova vizija Novi Travnik potpisan 21.02.2017.godine
      • Sporazum o saradnji između Ministarstva znanosti, prosvjete, kulture i športa Kantona 10, Medice Zenica i Udruženja građanki Grahova potpisan 30.01.2017.godine
      • Sporazum o saradnji između Ministarstva zdravstva i socijalne politike Srednjobosanskog kantona i Medice Zenica potpisan 22.04.2016.godine
      • Protokol o međusobnoj saradnji nadležnih ministarstava, pravosudnih institucija, općina, ustanova i nevladinih organizacija u pružanju podrške preživjelim i preži  vjelim/svjedocima u slučajevima ratnih zločina, seksualnog nasilja i dru  gih krivičnih djela, uspostavljenom institucionalnom mrežom na područ ju Bosansko-podrinjskog kantona Goražde (BPK Goražde) zaključen 29.03.2016. godine u Goraždu između: Ministarstva za pravosuđe, upravu i radne odnose Bosansko-podrinjskog kantona Goražde, Ministarstva za socijalnu politiku, zdravstvo, raseljena lica i izbjeglice Bosansko-podrinjskog kantona Goražde, Ministarstva za unutrašnje poslove Bosansko-podrinjskog kantona Goražde, Općine Goražde, Općine Foča u FBiH, Općine Pale u FBiH, Kantonalnog suda u Goraždu, Kantonalnog tužilaštva Goražde, Općinskog suda u Goraždu, JU Centra za socijalni rad BPK Goražde, JU DZ „Isak Samokovlija“- Centar za mentalno zdravlje, Udruženja žena SEKA Goražde, Udruženja „Sehara“  Goražde, Udruženja civilnih žrtava rata BPK, Udruženja logoraša Goražde, Udruženja „Svjetlost Drine“ Goražde, Udruženja „Medica“  Zenica, Udruženja građana „Vive žene“ Tuzla, Fondacije Udružene žene Banja Luka
      • Protokol  o međusobnoj saradnji nadležnih ministarstava, institucija, ustanova i nevladinih organizacija u pružanju podrške preživjelima i preživjelima/svjedocima u slučajevima ratnih zločina, seksualnog nasilja i drugih oblika krivičnih djela, uspostavljenom institucionalnom mrežom na području Hercegbosanske županije/Kantona 10 potspisan 07.03.2016.godine u Livnu između: Ministarstvo unutarnjih poslova HBŽ/K10, Ministarstvo pravosuđa i uprave HBŽ/K10,  Ministarstvo rada, zdravstva, socijalne skrbi i prognanih HBŽ/K10 , Kantonalno tužilaštvo Kantona 10, Kantonalni sud u Livnu, Općinski sud u Livnu, Centar za socijalni rad Livno, Centar za socijalnu skrb Tomislavgrad, Centar za socijalni rad Glamoč, Centar za socijalni rad Kupres, Dom zdravlja Livno , Dom zdravlja Tomislavgrad, Udruženje žena Grahovo, Udruženje žena „Li-Woman“ Livno, Građansko udruženje žena „Duvanjke“, Udruženje „Medica“ Zenica, Fondacija Udružene žene Banja Luka i  Udruženje građana „Vive žene“ Tuzla
      • Sporazum o saradnji između Ministarstva zdravstva, rada i socijalne politike Unsko – sanskog kantona i Udruženja Medica Zenica, potpisan 18.09.2015.godine
      • Sporazum o saradnji između Federalnog Ministarstva zdravstva,   i Udruženja Medica Zenica, potpisan 22.07.2015.
      • Sporazum o saradnji između Ministarstva zdravstva Zeničko-dobojskog kantona i Udruženja Medica Zenica, potpisan 20.07.2015.godine
      • Protokol  o međusobnoj saradnji nadležnih ministarstava, institucija, ustanova i nevladinih organizacija u pružanju podrške preživjelima i preživjelima/svjedocima u slučajevima ratnih zločina, seksualnog nasilja i drugih oblika krivičnih djela, uspostavljenom institucionalnom mrežom na području Hercegovačko-neretvanskog (HNK) potspisan 26.02.2015.,godine u Mostaru između:  Ministarstvo unutrašnjih poslova HNK/Ž, Ministarstvo pravosuđa, uprave i lokalne samouprave HNK/Ž, Kantonalno tužilaštvo HNK Mostar, Udruženje „Medica“ Zenica, Udruženje „Žena BiH“ Mostar, Udruga/Udruženje „Forma F“, Udruženje „Gerc Sumejja“ Mostar, Hrvatska udruga logoraša domovinskog rata u BiH, Savez udruge logoraša HNK, Hrvatska udruga logoraša domovinskog rata BiH-Podružnica HNŽ, Udruženje logoraša „Mostar“, Regionalno udruženje logoraša „Višegrad“
      • Protokol  o međusobnoj saradnji nadležnih ministarstava, općina, institucija, ustanova i nevladinih organizacija u pružanju podrške žrtvama i žrtvama/svjedocima u slučajevima ratnih zločina, seksualnog nasilja i drugih oblika krivičnih djela, uspostavljenom institucionalnom mrežom na području Unsko-sanskog kantona (USK) potspisan 27.06.2013,godine u Bihaću između:  Ministarstvo unutrašnjih poslova USK, Ministarstvo pravosuđa i uprave USK, Ministarstvo zdravstva i socijalne politike USK, Kantonalno tužilaštvo USK Bihać, Kantonalni sud u Bihaću, Zavod za besplatnu pravnu pomoć USK, Općina Bihać, Općina Bosanska Krupa, Općina Bosanski Petrovac, Općina Bužim, Općina Cazin, Općina Ključ, Općina Sanski Most, Općinski sud u Bihaću, Općinski sud u Bosanskoj Krupi, Općinski sud u Cazinu, Općinski sud u Sanskom Mostu, Općinski sud u Velikoj Kladuši, Udruženje „Žene sa Une“ Bihać, Udruženje Prijedorčanki „Izvor“ Prijedor, Udruženje „Medica“ Zenica, Udruženja „ŽENA – ŽRTVA RATA
      • Protokol o postupanju u slučajevima pronalaska maloljetnika u skitnji i prosjačenju, avgust 2013 između Općine Zenica, JU Centar za socijalni rad Zenica, Policijske uprave Zenica i Medice Zenica
      • Protokol o međusobnoj saradnji nadležnih ministarstava, institucija i nevladinih organizacija u pružanju podrške žrtvama/svjedocima u slučajevima ratnih  zločina, seksualnog nasilja i drugih oblika krivičnih djela, uspostavljenom Mrežom na području Srednjobosanskog kantona (SBK) / Kantona Središnja Bosna (KSB)“  potpisan 14.06.2012.godine između Ministarstva pravosuđa i uprave SBK, Ministarstva unutrašnjih poslova SBK, Ministarstva zdravstva i socijalne politike SBK, Kantonalni sud u Novom Travniku, Općinski sudovi U Travniku, Bugojnu, Kiseljaku, Medice Zenica, Regionalne advokatske komore Zenica, Hrvatske udruge logoraša domovinskog rada u Kantonu Središnja Bosna i Saveza udruženja logoraša Srednjobosanskog kantona
      • “Protokol o međusobnoj saradnji obnovljen između Kantonalne bolnice Zenica  i Medice Zenica 06.03.2012, a vezano za besplatno pružanje medicinskih usluga korisnicama/ima Medice Zenica
      • „Protokol o međusobnoj saradnji institucija i nevladinih organizacija u pružanju podrške  žrtvama/svjedocima u slučajevima  ratnih zločina, seksualnog nasilja i drugih oblika krivičnih djela“ a time i  uspostavljane Mreže za podršku žrtvama/svjedocima na području ZDK.potpisan dana 19.12.2011.godine između Ministarstva za pravosuđe i upravu ZDK, Ministarstva unutrašnjih poslova ZDK, Ministarstva zdravstva ZDK, Ministarstva za rad, socijalnu politiku i izbjeglice ZDK,  Kantonalnog suda u Zenici, Kantonalnog tužilaštva ZDK, Kantonalnog zavoda za pravnu pomoć ZDK, Općinskih sudova u Zenici, Kaknju, Visokom, Zavidovićima, Žepču i Tešnju, Medice Zenica, Centra za pravnu pomoć ženama Zenica, Saveza udruženja logoraša ZDK i Udruženja Gram Concordia.
      • Protokol o međusobnoj saradnji u radu na prevenciji i zaštiti žrtava nasilja” sa Ministarsvtom za rad, socijalnu politiku i izbjeglice Ze-do kantona i 8 općina Ze-do kantona:Zenica, Kakanj, Visoko, Maglaj, Doboj-Jug, Vareš, Olovo i Usora, potpisan 30.11.2010. godine
      • Protokol o međusobnoj saradnji u radu na prevenciji i zaštiti žrtava nasilja” sa Ministarsvtom za rad, socijalnu politiku i izbjeglice Ze-do kantona i 8 općina Ze-do kantona:Zenica, Kakanj, Visoko, Maglaj, Doboj-Jug, Vareš, Olovo i Usora, potpisan 30.11.2010. godine
      • Protokol o međusobnoj saradnji u radu na prevenciji i zaštiti žrtava nasilja” sa Ministarsvtom za rad, socijalnu politiku i izbjeglice Ze-do kantona, Ministarstvom unutrašnjih poslova Ze-do kantona, Općinom Zenica, JU Centar za socijalni rad Zenica, Pedagoškim zavodom Zenica, JU Dom-porodica Zenica, JU Dom zdravlja Zenica, JZU Knatonalni zavod za brobu protiv bolesti ovisnosti, Općinskim sudom u Zenici, U.G. “Romano Centro” Zenica, U.G. “Društvo socijalnih radnika” Zeničko-dobojskog kantona, potpisan 05.07.2010. godine
      • Protokol o saradnji i osiguranju adekvatnog i sigurnog smještaja i zbrinjavanja stranaca žrtava trgovine ljudima u Bosni i Hercegovini sa Ministarstvom sigurnosti BiH, potpisan 01.07.2010. godine
      • Ugovor o realizaciji projekta: „Sigurna kuća za žene i djecu žrtve nasilja u porodici i zajednici sa područja Zeničko-dobojskog kantona” sa Ministarstvom za rad socijalnu politiku i izbjeglice Zeničko-dobojskog kantona, potpisan 01.09.2009. godine.
      • Protokol o saradnji sa JU Služba za zapošljavanje ZE-DO kantona – Biro rada Zenica, potpisan 11.06.2009. god.
      • Protokol o saradnji na unapređivanju efikasnije ekonomske i psihosocijalne podrške  ženama i djevojakama na području  općine Zenica sa Općinom Zenica, potpisan 01. 02. 2009. god.
      • Memorandum o saradnji sa Gender Centrom Federacije Bosne i Hercegovine, potpisan 04.12.2008. godine
      • Protokol o saradnji u pružanju besplatnih medicinskih usluga sa JU Kantonalna bolnica Zenica, potpisan 12. 6. 2008. god., a obnovljen 06.03.2012.godine. NVO Medica Zenica je jedina NVO koja je potpisala protokol sa Kantonalnom bolnicom Zenica, te time ostvarila veliki korak u zaštiti žena, djece i članova porodica žrtava nasilja u porodici u sistemu zdravstvene zaštite.
      • Protokol o saradnji sa Društvom socijalnih radnika Zeničko-dobojskog kantona, potpisan  31. 12. 2007. god.
      • Protokol o saradnji u radu Sigurne kuće i Savjetovališta za žene i djecu žrtve nasilja u porodici sa Općinom Zenica, u februaru 2007., a obnovljen  januara,  2008. god.
      • Protokol o saradnji na unapređivanju efikasnije psihosocijalne zaštite u cilju zbrinjavanja žrtava nasilja na području općine Zenica sa JU Centar za socijalni rad Zenica i Općinom Zenica, potpisan 1. 2. 2007. god.
      • Protokol o saradnji i osiguranju adekvatnog i sigurnog smještaja i zbrinjavanja stranaca žrtava trgovine ljudima u BiH sa Ministarstvom sigurnosti Bosne i Hercegovine, potpisan 10. 3. 2005. god., obnovljen u 2008. god.

Institucionalna saradnja  ostvarena  kroz protokole, memorandume i druge dokumente sa:

          • Ministarstvom sigurnosti BiH
          • Ministarstvo za ljudska prava i izbjeglice BiH
          • Federacija BiH-Federalno Ministarstvo rada i socijalne politike
          • Agencija za ravnopravnost spolova BiH
          • Gender Centar Federacije Bosne i Hercegovine
          • Zeničko-dobojski kanton – Ministarstvo za rad, socijalnu politiku i izbjeglice
          • Općina Zenica
          • JU Cantar za socijalni rad Zenica
          • JU Kantonalna bolnica Zenica
          • JU Dom porodica Zenica
          • Pedagoški fakultet Zenica
          • Islamski pedagoški fakultet Zenica
          • Osnovne i srednje škole
          • Društvo socijalnih radnika Ze–Do kantona
          • Romano centro Zenica
          • Učitelji bez granica Zenica
          • Nevladine organizacije u BiH

“Medica” Zenica je članica različitih lokalnih i međunarodnih mreža. Od međunarodnih mreža tu su EPIL (European Project for Interreligious Learning), WAVE (Women Against Violence Europe), a od lokalnih tu su Sigurna mreža, Stariji brat, starija sestra nacionalna mreža, Mreža za izgradnju mira, NVO Vijeće, Nevac, Neformalna mreža dječijih dnevnih centara- Regionalna mreža za djecu koja žive i rade na ulici, mreža Sporazum plus,  Ženska mreža BiH.

“Medica” Zenica je imenovana za članicu savjetodavne grupe za Centralnu i Jugoistočnu Evropu pri UN WOMEN u naredne  2 godine.